你们并没有在劳动合同中约定过绩效工资，而是按照惯例在执行绩效工资的计算。绩效工资的计算方式，属于内部制度。如果要对此进行调整，理论上要通过民主协商的方式确定，单位不能单方面作出调整。所以，你能够证明你们之前的绩效工资惯例的话，可以通过劳动监察或劳动仲裁的方式，阻止单位对于绩效工资的制度变更，保障自己的权益。
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会发，在职工辞职后，用人单位应当及时与职工办理相应的解除劳动关系的手续，同时对职工的绩效工资、加班费等应及时的结清，否则的话用人单位除了要及时支付辞职职工相应费用外，还要承担赔偿责任。
可以扣除，绩效工资是工作成绩的效益，效益工资不是固定的工资，所以是可以扣除的。单位有权在不低于当地最低工资标准的基础上设立绩效奖，但同时需建立考核制度，并向员工公示，绩效奖的计算依该制度进行。
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