对企业股权转让行为进行税收筹划，一个基本的问题是正确地划分股息所得和股权转让所得及其不同的计税方法。在相关的税法规定中，投资企业的股息所得应缴纳的税款可以抵扣被投资企业已经缴纳的税款;而股权转让所得则是按转让收入减去投资成本的差额作为应纳税所得额计算缴纳企业所得税。这种不同的计税方法使股权转让行为有了一定的筹划空间。 《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发[2000]118号)规定：“企业股权投资转让所得是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得额，依法缴纳企业所得税”。《国家税务总局关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》(国税函[2004]390号)规定：“1.企业在一般的股权(包括转让股票和股份)买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发[2000]118号)有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润及累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。2.企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得”。 因此，内资企业的股权转让所涉及的企业所得税，除非被并购方(股权转让方)持有目标企业95%以上的股权，被并购方(股权转让方)应分享的并购目标企业留存收益(累计未分配利润及累计盈余公积)应确认为股权转让所得，并入被并购方(股权转让方)的应纳税所得额，依法缴纳企业所得税。但有一个可能的节税办法就是在外资并购前先由并购目标企业对拟转让股权方(企业)进行分红，在此方案下将降低股权转让所得的基数，从而降低被并购方(股权转让方)的应纳税额。 至于被并购方(股权转让方)为个人的情况，新《个人所得税法实施条例》规定：“对股票转让所得征收个人所得税的办法，由国务院财政部门另行制定，报国务院批准施行”，因此应密切关注个人所得税关于股票转让所得的最新立法动向。
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一般的股权转让，股权转让所得税计算公式：企业应纳所得税额= (转让股权收入-取得该股权所发生的成本-转让过程中所支付的相关合理费用)×25%=股权转让所得×25%。涉及到股权转让收入以及股权净值即投资支付实际成本确认问题：企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。
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