各级软科学研究管理部门对申请归档和登记的软科学研究成果应进行认真细致的审查，合格者可在《软科学研究成果公报》上发布。凡正式公布的软科学研究成果，任何部门、单位或个人都有权提出异议，并在成果公报发布后三个月内将异议报送软科学研究管理部门，软科学研究管理部门应及时将异议转送项目归口管理部门和项目承担单位，由项目归口管理部门同项目承担单位共同处理，并在收到异议后两个月内，将处理结果报软科学研究管理部门。逾期不报又无正当理由者，则视为撤销该成果。如在三个月内未有人提出异议，或虽提出异议但经调查核实无任何问题的软科学研究成果，可发给《软科学研究成果登记证》，项目承担单位可凭此证前往科技成果登记部门办理有关登记手续。如确属剽窃或弄虚作假，将在公布范围内宣布撤销。情节严重的，将追究其法律责任。
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软件登记申请文件可以直接递交或者挂号邮寄。申请人提交有关申请文件时，应当注明申请人、软件的名称，有受理号或登记号的，应当注明受理号或登记号。申请人在登记申请批准之前，可以随时请求撤回申请。
申报软件著作权登记的流程如下：1、填写计算机软件著作权登记的申请表；2、向中国版权保护中心提交申请文件；3、著作权登记文件初步审查通过后，版权保护中心会受理；4、版权保护中心进行审查，审查通过的，予以登记；5、领取证书。
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