1、个人工伤赔偿得的钱公司要扣除工伤时所花的医药费，如果工伤赔偿中，包括用人单位支付的医疗费用的话，用人单位扣除是合理的，如果不包括用人单位垫付的医疗费用的，用人单位不得扣除的。 2、《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付： （一）治疗工伤的医疗费用和康复费用； （二）住院伙食补助费； （三）到统筹地区以外就医的交通食宿费； （四）安装配置伤残辅助器具所需费用； （五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费； （六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴； （七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金； （八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金； （九）劳动能力鉴定费。 第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付： （一）治疗工伤期间的工资福利； （二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴； （三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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这种情况的报销赔偿后要扣掉之前单位垫付的部分。如果员工是工伤，单位垫付了员工的医药费之后，之后员工获得工伤赔偿单位也可以拿回垫付的。
工伤赔偿包括医疗费，根据中华人民共和国社会保险法的规定，因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：治疗工伤的医疗费用和康复费用院伙食补助费统筹地区以外就医的交通食宿费等。
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