根据我国《民事诉讼法》第二章有关管辖的规定，基层人民法院管辖第一审医疗纠纷民事诉讼案件；中级人民法院管辖在本辖区有重大影响的医疗纠纷民事诉讼案件；高级人民法院管辖在本辖区有重大影响的第一审医疗纠纷民事诉讼案件。 对公民提起的医疗纠纷民事诉讼诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。 同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。 因医疗侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖；因医疗合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖。
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首先看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的法院有管辖权;如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖法院，即被告住所地法院肯定有管辖权。如果合同已经履行的，则合同履行地法院有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权，否则合同履行地法院无管辖权。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地法院管辖。根据我国《民事诉讼法》第34条的规定，非涉外诉讼中的协议管辖只适用合同纠纷的第一审案件;协议管辖是要式行为，必须采用书面形式;协议管辖当事人可选择的法院有原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地、标的物所在地的法院;当事人须在协议中对管辖法院作出明确的约定，不明确则管辖无法依协议而确定;当事人选择法院时，不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
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