由于权属存有争议的房屋属于产权不明确的房屋，应当由征收部门提出补偿安置方案，报政府同意后作出补偿决定。搬迁前，征收部门应当就被搬迁房屋的有关事项向公证机关办理证据保全，并且将征收补偿资金办理提存或者提供符合国家质量标准的安置用房、周转用房后方可实施征收。 国务院令第590号，第十五条房屋征收部门应当对房屋征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况组织调查登记，被征收人应当予以配合。调查结果应当在房屋征收范围内向被征收人公布。
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为防止产权人的合法权益遭受损失，在产权争议诉讼中，一方当事人可以向法院申请对拆迁补偿款采取财产保全措施，对拆迁或请求拆迁人将拆迁补偿款向有关机关提存，防止拆迁人把拆迁补偿款发放给案外人，损害真正产权人的合法权益。当然，拆迁人为防止错发拆迁补偿款，在签订拆迁补偿协议之前可要求对争议的房屋进行确权，要求被拆迁人提供有效的权属证明文件。产权纠纷的房屋是指房屋产权关系存在争议，产权人还未确定的房屋。房屋拆迁时，如果产权人尚处于不确定的状态就无法签订拆迁补偿协议，但拆迁工作仍要进行，这就要求纠纷人应该在房屋拆迁主管部门公布的规定期限内尽快解决纠纷，以便拆迁工作顺利进行。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条第三款的规定，房屋拆迁不合理可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。提起行政诉讼，需提交起诉状及其副本。《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条第一款、第二款规定，房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。
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