公安侦查终结并移交检察院后，检察院也有作出不予起诉决定的情况。人民检察院审查起诉案件，认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，。认为不具备起诉条件的，应当作出不起诉决定。不起诉分三种情形：第一，犯罪嫌疑人有《刑事诉讼法》第十五条规定的下列情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定：第一，情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的。第二，犯罪已过追诉时效期限的。第三，经特赦令免除刑罚的。第四，犯罪嫌疑人、被告人死亡的。第五，其他法律规定免予追究刑事责任的。第二，《刑事诉讼法》第142条第2款规定：“对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”第三，由《刑事诉讼法》第140条第4款规定：“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。”人民检察院作出不起诉决定的，应当制作不起诉决定书，公开宣布，并且应将不起诉决定书送到被不起诉人和他所在的单位。如果被不起诉人在押的，应当立即释放。不起诉决定在法律后果上属于无罪。
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案底是犯罪记录，如果人民法院依法审判，判处有罪的，才会有案底，检察院不起诉是不会有案底的。法定不起诉是指人民检察院对公安机关终结移送起诉的案件或者自己侦查终结的案件进行审查后，认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任，从而作出不将犯罪嫌疑人诉至人民法院审判的一种处理决定，是我国规定的不起诉的三种情况之一。
被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定： （1）如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。 （2）如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉。 而且因犯罪情节轻微或具有《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
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