在医疗损害赔偿纠纷案件中，患者一方应当首先证明其与医疗机构之间存在医疗关系并发生医疗损害。医疗机构应就医疗行为与损害后果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任。交费单、挂号单等诊疗凭证及病历、出院证明等证据可以用于证明医疗关系存在。患者一方提供不出上述证据，但有其他证据能证明医疗行为存在的，可以认定存在医疗关系。在医疗损害赔偿纠纷案件中，当事人应提交由其保存的所有涉案病历资料。医疗机构制作的客观性病历资料与主观性病历资料均为证据材料。当事人对病历资料及其他进行医疗鉴定所需的材料的真实性、完整性有异议的，应当由人民法院先行组织双方当事人举证、质证。人民法院应根据举证、质证的具体情况进行审查，确有必要的，应告知当事人申请文件检验。经文件检验确认后，人民法院方可委托进行医疗鉴定。当事人遗失、涂改、伪造、隐匿、销毁、抢夺病历，或以其他不正当手段改变病历资料的内容，导致医疗行为与损害后果之间的因果关系不明或有无过错无法认定的，应承担不利的诉讼后果。病历确有涂改但当事人主张该涂改并不影响病历实质内容的，应对涂改不影响病历实质内容承担举证责任，人民法院也可以通过采取咨询专家等方法加以认定。一方当事人对对方保存或控制的病历的真实性、完整性提出合理质疑的，由保存或控制病历的一方当事人承担举证责任。
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2001年12月21日公布的《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》规定：因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系以及医疗过程有无过错承担举证的责任。其意思是： 1、患者应当承担初步举证责任。在医疗损害赔偿诉讼中，患者应当对损害赔偿请求权的成立，负有初步的举证责任。 2、举证责任是可以转移的。如果患者对损害赔偿请求权成立的证明达到了表见真实的程度，证明责任就向医疗机构转移。 3、确定责任转移的依据。确定由医疗机构对不存在因果关系和不存在医疗过错承担证明责任，主要基于以下三点考虑：首先，患者的医学知识非常有限，并且在治疗过程也处于被动服从的地位；其次，按错造成损害的，其在手术过程中一直处于麻醉的状态，对医疗过程是不可能知道照举证责任的实质分配标准，举证责任应当由距离证据最近或者控制证据源的一方当事人负担。最后，对因果关系和医疗过失的认定，涉及医学领域中的专门问题，一般都要通过鉴定才能认定。
医疗损害责任纠纷举证方法如下：因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系，以及不存在医疗过错承担举证责任。在诉讼过程中，一方当事人陈述的于己不利的事实，或者对于己不利的事实明确表示承认的，另一方当事人无需举证证明。
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