辅导期一般纳税人实行“先比对，后抵扣”，即当月认证的增值税进项发票当月不能抵扣，需要填写在增值税申报表的待抵扣一栏中，当税务机关稽核比对通过后方可抵扣。 根据《国家税务总局关于印发的通知》（国税发〔2010〕40号）第七条规定：“辅导期纳税人取得的增值税专用发票（以下简称专用发票）抵扣联、海关进口增值税专用缴款书以及运输费用结算单据应当在交叉稽核比对无误后，方可抵扣进项税额。” 第十一条规定：“辅导期纳税人应当在‘应交税金’科目下增设‘待抵扣进项税额’明细科目，核算尚未交叉稽核比对的专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书以及运输费用结算单据（以下简称增值税抵扣凭证）注明或者计算的进项税额。 辅导期纳税人取得增值税抵扣凭证后，借记‘应交税金——待抵扣进项税额’明细科目，贷记相关科目。交叉稽核比对无误后，借记‘应交税金——应交增值税（进项税额）’科目，贷记‘应交税金——待抵扣进项税额’科目。经核实不得抵扣的进项税额，红字借记‘应交税金——待抵扣进项税额’，红字贷记相关科目。” 第十二条规定：“主管税务机关定期接收交叉稽核比对结果，通过《稽核结果导出工具》导出发票明细数据及《稽核结果通知书》并告知辅导期纳税人。 辅导期纳税人根据交叉稽核比对结果相符的增值税抵扣凭证本期数据申报抵扣进项税额，未收到交叉稽核比对结果的增值税抵扣凭证留待下期抵扣。”
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