第四十六条发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。第四十七条双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议。的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。第四十八条已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据本条例的规定计算赔偿数额。经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行;调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。第四十九条医疗事故赔偿，应当考虑下列因素，确定具体赔偿数额： (一)医疗事故等级; (二)医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度; (三)医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。
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2008年4月1日生效的《民事案件案由规定》中对关于医患纠纷的案由共包括两个：即医疗损害赔偿纠纷和医疗服务合同纠纷。 1、医疗服务合同纠纷即然是合同纠纷，追究的是违约责任。当然不包括精神损害问题。违约责任是一种弥补损失的责任。患方要提供双方存在医疗服务合同关系的证据，还要提供医疗机构违约的事实证据以及由于院方违约给患方造成损失的证据。实践中包括：医学美容、接骨治疗、单科治疗、医药费拖欠纠纷。 2、医疗损害赔偿纠纷由于在新案由规定中取消了医疗事故损害赔偿纠纷的案由，所以在今后的起诉时都是以医疗损害赔偿纠纷进行诉讼，只是人民法院在审查时，发现如果是构成医疗事故的，按照《医疗事故处理条例》的规定，对患者的诉请进行评判。发现如果不构成医疗事故的，按照《民法通则》、《人身损害赔偿若干问题的意见》以及精神损害的相关法规进行评判。
医疗纠纷赔偿适用的法律有《医疗事故处理条例》、《民法典》等。发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
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