1，和单位协商，由单位为员工补办员工档案。2，如果无法协商，可以通过向单位所在地提起民事诉讼的方式要求单位赔偿。3，可以通过诉讼要求单位恢复原状（补办员工档案）、赔偿损失（与档案相关，因档案丢失无法享受各项保险、工资、福利待遇）。4，相关规定：（1）《档案法》规定：第七条规定：“机关、团体、企业事业单位和其他组织的档案机构或者档案工作人员，负责保管本单位的档案，并对所属机构的档案工作实行监督和指导。（2）《企业职工档案管理工作规定》中规定：第九条企业职工档案的内容和分类：（一）履历材料；（二）自传材料；（三）鉴定、考核、考察材料；（四）评定岗位技能和学历材料（包括学历、学位、学绩、培训结业成绩表和评定技能的考绩、审批等材料）；（五）政审材料；（六）参加中国共产党、共青团及民主党派的材料；（七）奖励材料；（八）处分材料；（九）招用、劳动合同，调动、聘用、复员退伍、转业、工资、保险福利待遇、出国、退休、退职等材料；（十）其他可供组织参考的材料。（3）《民法》规定：第一百三十四条承担民事责任的方式主要有：(一)停止侵害；(二)排除妨碍；(三)消除危险；(四)返还财产；(五)恢复原状；(六)修理、重作、更换；(七)赔偿损失；(八)支付违约金；(九)消除影响、恢复名誉；(十)赔礼道歉。以上承担民事责任的方式，可以单独适用，也可以合并适用。
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劳动者与用人单位解除或者终止劳动关系后，请求用人单位返还其收取的劳动合同定金、保证金、抵押金、抵押物产生的争议，或者办理劳动者的人事档案、社会保险关系等移转手续产生的争议，经劳动争议仲裁委员会仲裁后，当事人依法起诉的，人民法院应予受理。 一切国家机关、武装力量、政党、社会团体、企业事业单位和公民都有保护档案的义务；工作人员玩忽职守，造成档案丢失的应当承担相应的行政或法律责任。 劳动者的人事档案一旦丢失，往往只能补开就业关系证明，过去档案里存放的一些历史材料，包括奖励、处分和职称评定等原始材料已经无法补办。由此造成劳动者的损失，你可以起诉至法院，赔偿损失。
档案被单位丢失只能补开就业关系证明,如果个人与单位(包括委托管理档案的人才服务机构、职业介绍所等)有存放档案的相关协议,单位把个人档案丢失了,个人可以向法院起诉用人单位,要求赔偿损失。
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