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专项附加扣除办理申报流程包括两种途径，分别是由单位办理申报和个人自行申报。具体来讲 （1）由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外，对其他五项扣除，您可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。首次享受时，需要填写《个人所得税专项附加扣除信息表》并报送给任职受雇单位，单位在每个月发放工资时，像“三险一金”一样，为您办理专项附加扣除。 （2）自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。一般来讲，有以下情形之一的，您可以选择在次年3月1日至6月30日内，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时进行专项附加扣除，税款多退少补；个人所得税专项附加扣除信息随纳税申报表一并报送：①不愿意通过单位办理扣除，未将相关专项附加扣除信息报送给任职受雇单位的；②没有工资、薪金所得，但有劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得的；③有大病医疗支出项目的；④纳税年度内未享受或未足额享受专项附加扣除等情形。 如果同时有两个以上发工资的单位，那么对同一个专项附加扣除项目，在一个纳税年度内，您只能选择从其中的一个单位办理扣除。
个税附加扣除的操作是：纳税人的子女接受全日制学历教育的相关支出，按照每个子女每月1000元的标准定额扣除。纳税人在主要工作城市没有自有住房而发生的住房租金支出，直辖市、省会（首府）城市、计划单列市以及国务院确定的其他城市，扣除标准为每月1500元。
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