农村合作医疗和公司上的社会保险有冲突，只能报销一份。 城镇医疗保险包括城镇职工医疗保险、城镇居民医疗保险等等。 城镇居民医疗保险是以没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民为主要参保对象的医疗保险制度。它是继城镇职工基本医疗保险制度和新型农村合作医疗制度推行后，党中央、国务院进一步解决广大人民群众医疗保障问题，不断完善医疗保障制度的重大举措。 城镇居民医疗保险主要是对城镇非从业居民医疗保险做了制度安排。这一制度的出现在中国社会保险制度改革的历程中具有重大意义，指明了中国社会保险制度改革的方向。 城镇职工基本医疗保险是我国医疗保险的组成(城镇职工医疗保险，城镇居民医疗保险，新型农村合作医疗)之一，是为补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。 通过用人单位和个人缴费，建立医疗保险基金，参保人员患病就诊发生医疗费用后，与医疗保险经办机构给与一定的经济补偿，以避免或减轻劳动者因患病、治疗等所承受的经济风险。 农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，我国农业人口占全国总人口的63.91%，农村医疗保险，可以使广大农民享受到农村医疗保险的实惠，同时也是社会保障的一项重要内容，更是我国经济建设的重要环节之一。 城镇医疗保险和农村医疗保险的待遇区别： 城镇医疗保险分为城镇职工医疗保险和城镇居发医疗保险。城镇职工医疗保险是由职工所在单位和职工个人两方共同承担，城镇居民医疗保险是由城镇居民个人承担。 户口在农村，可以在户籍所在地参加农村合作医疗和农村养老保险。但医疗保险是不能转移的，养老保险可以转移。医保待遇上没什么大的区别，农村相对来说更合适，因为国家财政有专项资金来补贴，所以缴的钱比较少，但待遇不比城镇的差;而养老保险相对来说城镇的比农村的就高多了。
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1、投保对象，新农合是针对农村人口实行的医疗制度，医保是针对城市居民及企业职工（分为居民医保和职工医保两种）。 2、缴费标准，新农合和居民医保的缴费虽然每年是固定的金额，但职工医保则跟个人工资以及当地平均工资挂钩。 3、报销比例，多地已开始实行城镇居民医保和新农合统一的政策，新农合的报销比例也在逐渐往医保报销比例上靠近。 4、报销范围，医保报销范围比新农合广，像新农合在一些大医院门诊就不能报销，但也是上面提到了的统一政策，新农合的报销范围也正在向城镇居民医保靠拢。
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