土地承包合同纠纷发生在《农村土地承包法》实施前，处理该问题可以参照《农村土地承包法》第六十二条：“本法实施前已经按照国家有关农村土地承包的规定承包，包括承包期限长于本法规定的，本法实施后继续有效。”《立法法》第八十四条规定：“法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往，但为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外。” 处理此类纠纷应当把握的原则是：《农村土地承包法》实施前所开展的二轮土地承包，符合当时党中央国务院相关文件精神，符合当时地方性法规、规章、政策，按照二轮土地承包方案履行了民主管理程序，并签订了二轮土地承包合同的，应当认定合同有效。如果该合同期限短于《农村土地承包法》规定的承包期限，或其他条款明显与《农村土地承包法》相违背，应当按照法律规定予以变更。
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双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
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