首先明确一点，公司间相互借款是违法的，此类合同会被认定为无效，法院一般会判决借款方返还借款，支付借款利息，其它的诉求一般不会支持。第二、你前面说是你公司股东借给码头运输公司的钱，后面的叙述又像是你们公司借给码头公司的钱，是不是弄错了？第三、如码头公司尚有资产，现已明确表示拒不还款。建议你们尽快起诉，申请法院采取财产保全措施。执行问题是后续的问题，码头公司若还有其它债权人，哪就是谁先下手谁为强了。
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公司之间签订的借款合同是合法有效的，只要符合合同成立的基本条件： （1）合同双方具有相应的民事行为能力； （2）双方表达订立和同的意思是其真实的意思表示； （3）双方达成订立合同的一致表示，以一方发出要约另一方对要约做出承诺的方式来表示； （4）合同内容不违反公序良俗以及法律、行政法规的效力性强制性规定； （5）法律规定有其他特定条件满足时才能成立的合同。
满足条件可以有效。根据最高院审理民间借贷的解释，法人之间进行借贷除例外情况，法院应当支持借贷合同有效。公司企业等法人之间借贷有效需要：1、借贷目的是为了生产、经营，而不是为了避税或者以借贷营利。2、满足合同有效条件，不违反法律法规。3、约定的借贷利率有限制。
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