根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，按以下情况处理：（1）如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证;（2）如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。（3）一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
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1、丢失发票联的处理：使用专用发票抵扣联作记账凭证，使用专用发票抵扣联复印件留存备查，其他无需作单独处理。 2、丢失抵扣联的处理：使用专用发票发票联复印件留存备查，其他无需作单独处理。 3、丢失发票联和抵扣联的处理：开票方需要复印发票复印件，并由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》；再由收票方主管税务机关审核同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。 4、丢失记账联的处理：一般来说，如果发票开出后尚未寄出，可（开票单位）将发票的发票联复印，作为记账凭证;若已寄出，则从金税卡中重新打印一次，作为记账凭证。无需税局和收票单位作任何处理。
已开具但未经认证的发票丢失的处理方法如下：丢失发票联的处理，使用专用发票抵扣联到主管税务机关正常认证，将专用发票抵扣联作为记账凭证，并保留专用发票抵扣联复印件备查；丢失扣除联的处理，专用发票发票可以用来联系主管税务机关进行认证，专用发票发票可以作为记账凭证，专用发票发票复印件保存备查。
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