农业、林业行政主管部门及其所属的种子管理机构和工商行政管理机关在实施监督检查过程中，有权采取下列措施：(一)对种子的生产、经营等活动进行现场检查;(二)在市场上或者企业成品库的待销种子中，按照种子质量检验规程抽取样品;(三)对有根据认为种子不符合保障人体健康、人身安全的标准或者有其他严重质量问题的，责令当事人予以封存或者依法采取其他措施;(四)查处涉嫌种子违法行为的，可以查阅、复制当事人有关合同、发票、账簿。
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根据《产品质量法》的规定进行处罚。包括没收这些不合格商品，没收销售不合格商品的利润，并根据不合格商品的货值的倍数进行处罚。《产品质量法》的具体规定如下：第四十九条生产、销售不符合保障人体健康和人身、财产安全的国家标准、行业标准的产品的，责令停止生产、销售，没收违法生产、销售的产品，并处违法生产、销售产品(包括已售出和未售出的产品，下同)货值金额等值以上三倍以下的罚款;有违法所得的，并处没收违法所得;情节严重的，吊销营业执照;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
销售不符合质量标准种子的，以次充好、掺杂使假的，种子检验员有权制止其经营活动，扣押种子； 工商行政管理机关除依照投机倒把行政处罚法规的规定处罚外，并可责令赔偿直接损失和可得利益的损失。 另外，对违反上述规定的直接责任人员，由其所在单位或者上级主管部门给予行政处分；构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。
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