公司交的五险保障范围广，缴费高，相对来说，待遇也高一些。农村合作医疗保险缴费低，报销比例也相对低一些。两种保险不能重复享受，所以不需要一起交，在公司交五险的情况下，可以把农村合作医疗保险停缴。社会保险是一种为丧失劳动能力、暂时失去劳动岗位或因健康原因造成损失的人口提供收入或补偿的一种社会和经济制度。社会保险计划由政府举办，强制某一群体将其收入的一部分作为社会保险税（费）形成社会保险基金，在满足一定条件的情况下，被保险人可从基金获得固定的收入或损失的补偿，它是一种再分配制度，它的目标是保证物质及劳动力的再生产和社会的稳定。社会保险的主要项目包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险。农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，农村合作医疗制度是由政府支持、农民群众与农村经济组织共同筹资、在医疗上实行互助互济的一种具有医疗保险性质的农村健康保障制度。即农民每年交一定数额的合作医疗资金，集体与政府也可投入一部分，共同形成专项基金，农民就医时可按一定比例报销医药费。
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1、投保对象，新农合是针对农村人口实行的医疗制度，医保是针对城市居民及企业职工（分为居民医保和职工医保两种）。 2、缴费标准，新农合和居民医保的缴费虽然每年是固定的金额，但职工医保则跟个人工资以及当地平均工资挂钩。 3、报销比例，多地已开始实行城镇居民医保和新农合统一的政策，新农合的报销比例也在逐渐往医保报销比例上靠近。 4、报销范围，医保报销范围比新农合广，像新农合在一些大医院门诊就不能报销，但也是上面提到了的统一政策，新农合的报销范围也正在向城镇居民医保靠拢。
二者在住院报销方面有所差别： (一)一档缴费的，在实施基本药物制度的一级医院发生的住院医疗费用按80%支付(基本药物按90%支付)，在未实施基本药物制度的医院住院的按60%支付;二级医院按58%支付;三级医院按45%支付。 (二)二档缴费的，一级医院按85%支付(基本药物按90%支付)，二级医院按70%支付，三级医院按60%支付。
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