既然你们双方都有离婚的意愿，那么可以协议离婚。分居两地满二年是不可以自动解除婚姻的。 《婚姻登记管理条例》 第十四条：“当事人离婚的，必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记管理机关申请离婚登记；申请时，应当持下列证件和证明： （一）户口证明； （二）居民身份证； （三）所在单位、村民委员会或者居民委员会出具的介绍信； （四）离婚协议书； （五）结婚证。” 第十五条：“离婚协议书应当写明双方当事人的离婚意思表示、子女抚养、夫妻一方生活困难的经济帮助、财产及债务处理等协议事项。协议的内容应当有利于保护妇女和子女的合法权益。” 第十六条：“婚姻登记管理机关对当事人的离婚申请进行审查，自受理申请之日起一个月内，对符合离婚条件的，应当予以登记，发给离婚证，注销结婚证。当事人从取得离婚证起，解除夫妻关系。”
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当事人已经分居两年的，不会自动解除婚姻关系。离婚的方式有协议离婚和诉讼离婚。协议离婚需要当事人之间协商一致，签订离婚协议书并进行登记；诉讼离婚需要一方向法院提起离婚诉讼，如果夫妻因为感情不和分居两年，确定夫妻感情破裂的，调解无效的，应当判决准予离婚。
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