农村合作医疗和公司上的社会保险有冲突，只能报销一份。 城镇医疗保险包括城镇职工医疗保险、城镇居民医疗保险等等。 城镇居民医疗保险是以没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民为主要参保对象的医疗保险制度。它是继城镇职工基本医疗保险制度和新型农村合作医疗制度推行后，党中央、国务院进一步解决广大人民群众医疗保障问题，不断完善医疗保障制度的重大举措。 城镇居民医疗保险主要是对城镇非从业居民医疗保险做了制度安排。这一制度的出现在中国社会保险制度改革的历程中具有重大意义，指明了中国社会保险制度改革的方向。 城镇职工基本医疗保险是我国医疗保险的组成(城镇职工医疗保险，城镇居民医疗保险，新型农村合作医疗)之一，是为补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。 通过用人单位和个人缴费，建立医疗保险基金，参保人员患病就诊发生医疗费用后，与医疗保险经办机构给与一定的经济补偿，以避免或减轻劳动者因患病、治疗等所承受的经济风险。 农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，我国农业人口占全国总人口的63.91%，农村医疗保险，可以使广大农民享受到农村医疗保险的实惠，同时也是社会保障的一项重要内容，更是我国经济建设的重要环节之一。 城镇医疗保险和农村医疗保险的待遇区别： 城镇医疗保险分为城镇职工医疗保险和城镇居发医疗保险。城镇职工医疗保险是由职工所在单位和职工个人两方共同承担，城镇居民医疗保险是由城镇居民个人承担。 户口在农村，可以在户籍所在地参加农村合作医疗和农村养老保险。但医疗保险是不能转移的，养老保险可以转移。医保待遇上没什么大的区别，农村相对来说更合适，因为国家财政有专项资金来补贴，所以缴的钱比较少，但待遇不比城镇的差;而养老保险相对来说城镇的比农村的就高多了。
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农村合作医疗和公司上的社会保险是冲突的，公民若已经在单位购买社会保障（包含基本医疗保险）是不可以再申请购买农村合作医疗保险的，农村合作医疗和社会保险里面的基本医疗保险不可以同时购买。
农保参保对象是农村户口；社保是城镇户口包括工作在企业农村户口的职工。 1、新农保和社保不冲突，都是属于社会保险，只不过新农保是针对未参加城镇职工基本养老保险的农村居民；而社保的对象主要是城镇职工，或者说城镇务工人员。 2、新农保和城镇职工社保只需要缴纳一种即可。如果公司为你办理了职工社保，那么新农保就可以停止缴纳了。如果以后返回农村，退休时，会将你缴纳新农保的年限和缴纳社保的年限合并计算缴纳年限，计发养老金。 3、单位为你办理社保后，以前缴纳的新农保里个人账户里的钱会封存在你的个人账户，不必要退保。如果以后回到农村，还可以继续缴纳新农保。
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