员工申请工伤认定，如果单位没有证据证明不是工伤，那么就应该认定为工伤，但是员工必须提供工伤认定申请书，劳动关系证明以及首次诊断记录。依据《工伤保险条例》第十八条提出工伤认定申请应当提交下列材料：（一）工伤认定申请表；（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。工伤认定申请表应当包括事故发生的时间、地点、原因以及职工伤害程度等基本情况。工伤认定申请人提供材料不完整的，社会保险行政部门应当一次性书面告知工伤认定申请人需要补正的全部材料。申请人按照书面告知要求补正材料后，社会保险行政部门应当受理。第十九条社会保险行政部门受理工伤认定申请后，根据审核需要可以对事故伤害进行调查核实，用人单位、职工、工会组织、医疗机构以及有关部门应当予以协助。职业病诊断和诊断争议的鉴定，依照职业病防治法的有关规定执行。对依法取得职业病诊断证明书或者职业病诊断鉴定书的，社会保险行政部门不再进行调查核实。职工或者其近亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，由用人单位承担举证责任。
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１、单位申请工伤认定是需要在事故发生后一个月内申请。而个人申请工伤认定是需要在事故发生一个月之后自行申请，前提是单位在一个月内没有申请的条件下。 ２、如果是个人在一个月之后自行申请工伤认定，在认定为工伤之后，之前属于工伤范畴内的费用应该由单位承担，工伤保险基金不予报销。工伤保险基金仅报销认定为工伤之后所产生的费用。
单位报工伤与个人报工伤的区别是：1.时限不同，单位申报必须在事故发生后30天之内，个人申报时限是事故发生一年之内。2.费用支付渠道不同，如果是职工个人申报并认定为工伤，那么在申报前发生的应当由工伤保险基金承担的费用全部由单位承担。3.申报顺序不同，首先应该是单位申报，在单位超过30天未进行申报的情况下，才由个人进行申报。
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