工程款支付流程一般是：施工方提出申请，加盖施工方公章==>监理审核工程质量和工程量==>工程部复核工程量，以及其他可能涉及到款项支付的事项在审批单上进行备注==>预算部门根据工程部确认的工程量、合同约定计算应付工程款金额（有些企业预算部门同样参与工程量的确认，特别是隐蔽工程）==>财务复核累计付款金额、发票收取情况、以及其他扣款事项，签署财务意见==>总经理审批。
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工程预付款的支付流程： 1、分段结算，对于当年开工但当年不能竣工的项目，按照其工程形象进度划分不同阶段进行结算； 2、竣工后一次结算，规模较小的项目，竣工后一次结算的方式； 3、按月结算，即每个月结算一次； 4、双方约定的其他的结算方式。
工程预付款的支付流程分为分段结算，竣工后一次结算，按月结算等。： 1、分段结算，对于当年开工但当年不能竣工的项目，按照其工程形象进度划分不同阶段进行结算； 2、竣工后一次结算，规模较小的项目，竣工后一次结算的方式； 3、按月结算，即每个月结算一次； 4、双方约定的其他的结算方式。施工单位提交预付款《工程款支付申请表》给预算专员，需要施工单位项目经理签字确认，预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署预付款《工程款支付申请表》然后交给财务部；财务部进行复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审核审批通过的《工程款支付申请表》出纳安排付款。
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