员工应该先申请赔偿，同时在赔偿拿到手后办理辞职手续。根据《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；（二）住院伙食补助费；（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；（九）劳动能力鉴定费。第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：（一）治疗工伤期间的工资福利；（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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工伤辞职后用人单位需要赔偿。劳动者遭受意外伤害的事实，发生在劳动关系存续期间，除了一次性伤残就业补助金、一次性伤残医疗补助金，及停工留薪期工资待遇之外，劳动者其他工伤赔偿项目，与辞职行为无必然联系，不会因劳动者的辞职，给劳动者的工伤待遇造成任何实质性的影响。
发生工伤事故，经劳动能力鉴定后，职工可获得的赔偿主要是由工伤保险基金支付的一次性医疗补助金和伤残补助金，这二块赔偿可在劳动能力鉴定后直接向当地社保部门申请，一般情况下经一个月左右会拿到赔偿。
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