县级以上人民政府环境保护主管部门对本行政区域水污染防治实施统一监督管理。海事管理机构对船舶污染水域的防治实施监督管理。县级以上人民政府水行政、国土资源、卫生、建设、农业、渔业等有关主管部门在各自职责范围内，对有关水污染防治实施监督管理。乡镇人民政府、街道办事处应当协助做好辖区内饮用水安全、农业和农村水污染防治、环境基础设施建设等相关工作，并配合环境保护主管部门及其他有关主管部门做好水污染防治的有关工作。
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我国的海洋污染防治并不适用《水污染防治法》，而是适用《海洋环境保护法》。依照相关规定，《水污染防治法》的适用范围为中华人民共和国领域内的江河、湖泊、运河、渠道、水库等地表水体以及地下水体的污染防治。海洋污染防治则适用《海洋环境保护法》。
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