扣除应由个人缴纳的三险一金后，超过3500元的部分，应当缴纳个人所得税。按《个人所得税法》和国务院《个人所得税实施条例》规定，职工工资薪金所得，扣除应由个人缴纳的社会保险费和住房公积金，减除费用3500元后，适用超额累进税率，缴纳个人所得税。职工应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=（扣除三险一金后月收入-扣除标准）×适用税率-速算扣除数。《个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应纳个人所得税：一、工资、薪金所得；第三条个人所得税的税率：一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五（税率表附后）。第六条应纳税所得额的计算：一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。国务院《个人所得税法实施条例》第二十五条按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
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根据新税法缴纳的个人所得税是：550元。应纳税额=(13000.00-5000.00-2000)*20%-=550.00。新个税法规定，纳税人的工资、薪金所得，先行以每月收入额减除费用五千元以及专项扣除和依法确定的其他扣除后的余额为应纳税所得额，依照个人所得税税率表（综合所得适用）按月换算后计算缴纳税款，并不再扣除附加减除费用。
个人所得税税率计算方法如下：5000元及5000元以下的收入是免征税的，5001至8000元超出5000的部分收取3%的个人所得税，8001至17000元超出5000部分收取10%。
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