第一步：DNA提取 把样本细胞核中所含有DNA提取出来，然后进行一定的纯化，化除样本中的杂质。 第二步：PCR扩增 PCR的中文名为聚合酶链式反应，简单的说，PCR扩增这一步就是把我们所需要的片段通过酶促反应，在PCR仪上进行大量复制，放大到通过某些专用仪器可以看到的程度。 第三步：后PCR反应 这一步主要是上ABI测序仪检测的准备阶段，将双链的DNA打开，加一些检测用的的内标，主要是用来标记检测的片段长度。 第四步：毛细管测序仪检测 由于DNA带有电荷，通过毛细管电泳的方法，不同片段DNA长度的电泳速度不同，在同样的电压，同样的电泳时间下，泳动的距离不同，这些长短不同距离可以通过前期加入的内标测量分辨出来，同时可通过一定的软件显示在电脑上，方便检测人员处理和分析数据。 第五步：分析数据，出具报告 主要是检测人员将所得结果进行分析汇总、计算，然后出鉴定结论和报告。
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做亲子鉴定需要按以下程序办理：1、亲子鉴定包括司法亲子鉴定及个人亲子鉴定；2、当事人可以通过有关部门、法院、法律事务所办理委托手续，也可以直接个人委托司法鉴定；3、被鉴定人出示身份证、儿童出生证等证明身份及其相互关系的证件及亲子鉴定委托书；4、被鉴定人必须亲自到现场由专家抽样，按照司法亲子鉴定的有关规定一家三口抽取一定数量的血液。
亲子鉴定分为两大类，一种是个人个人隐私亲子鉴定，这种一般不需要提供身份证明，但是这种鉴定不具有直接的法律效力；还有一种是司法亲子鉴定，这种需要提供身份证明，如果孩子满十四周岁，需要适当听取孩子的意见。
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