鉴定由专家鉴定组组长主持，并按照以下程序进行：(一)双方当事人在规定的时间内分别陈述意见和理由。陈述顺序先患方，后医疗机构;(二)专家鉴定组成员根据需要可以提问，当事人应当如实回答。必要时，可以对患者进行现场医学检查;(三)双方当事人退场;(四)专家鉴定组对双方当事人提供的书面材料、陈述及答辩等进行讨论;(五)经合议，根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论。专家鉴定组成员在鉴定结论上签名。专家鉴定组成员对鉴定结论的不同意见，应当予以注明。
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主要由医学会负责医疗事故鉴定工作。根据医疗事故处理条例的规定，设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。
卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。如果是医患双方协商解决医疗事故争议，双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
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