关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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新型农村合作医疗报销范围包括药费、检查费、实验室费、手术费、治疗费、护理费等符合城镇职工医疗保险报销范围的部分。根据相关法律规定，职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
1、检查费用报销范围：治疗、注射、输液、清创缝合、针灸火罐、B超、心电图、X线、化验、一次性输液器、注射器等相关费用。 2、药品费用报销范围：根据各地政策文件规定的药品与农村合作医疗住院的报销范围。 3、住院费用报销范围：住院期间的药费、检查费、治疗费、手术费、化验费、住院费等相关可以报销的费用，特殊门诊可报医疗费。 4、特殊病种费用报销范围：恶性肿瘤化疗、重症尿毒症透析治疗、组织器官移植后排异治疗、失代偿期肝硬化、再生障碍性贫血、精神病结核病、系统性红斑狼疮、儿童孤独症、精神病、血友病、苯丙酮放尿症（限10岁以内儿童）。 5、农村合作医疗大病的报销范围：符合各地相关政策的医保目录，规定的医保开支范围内的医疗费用。
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