员工应该先申请赔偿，同时在赔偿拿到手后办理辞职手续。根据《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；（二）住院伙食补助费；（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；（九）劳动能力鉴定费。第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：（一）治疗工伤期间的工资福利；（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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辞职的流程：提前30日向用人单位提出申请，辞职申请未予批准前，应继续工作，不得先行离职。离职员工必须在规定的时间内做好工作移交，并向用工人单位人事部提供书面的有相关人员签字的移交清单，人事部凭移交清单及当月结算工资，办理正式离职手续。
工伤赔偿包含公司支付部分和社保支付部分，员工在劳动能力鉴定结果下达之后，应该向社保中心申请工伤待遇审核，审核通过后下发工伤待遇。社保基金支付工伤待遇审核需要递交有：工伤及职业病认定书复印件一份；劳动能力鉴定书一份或医疗终结鉴定表一份；医疗发票、住院总费用清单；门诊病历及出院小结复印件；转入账户；身份证复印件一份。单位支付的工资按月支付，如有伤残者，与单位解除劳动关系时协商支付。如果员工和单位因为工伤赔偿问题出现纠纷，可以申请劳动仲裁进行维权。
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