向人民法院提起诉讼之后，在举证阶段向人民法院提出鉴定申请，经法院同意之后，与肇事方协商选择鉴定机构，协商不成的有人民法院指定鉴定机构。 最高人民法院 《关于民事诉讼证据的若干规定》 法释（2001）33号 第二十五条当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。符合本规定第二十七条规定的情形，当事人申请重新鉴定的除外。 对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在人民法院指定的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料，致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论予以认定的，应当对该事实承担举证不能的法律后果。 第二十六条当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。
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依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十六条当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。第二十七条当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许： (一)鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的； (二)鉴定程序严重违法的； (三)鉴定结论明显依据不足的； (四)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。第二十八条一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。第二十九条审判人员对鉴定人出具的鉴定书，应当审查是否具有下列内容： (一)委托人姓名或者名称、委托鉴定的内容； (二)委托鉴定的材料； (三)鉴定的依据及使用的科学技术手段； (四)对鉴定过程的说明； (五)明确的鉴定结论； (六)对鉴定人鉴定资格的说明； (七)鉴定人员及鉴定机构签名盖章。综上可知，在发生交通事故后，可由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，如果协商不成，可以由人民法院指定。
可以自行选择交通事故鉴定机构。但是自行选择的鉴定机构必须满足如下条件，否则鉴定结论不具有效力： 1、自行选择的伤残鉴定机构是卫生行政主管部门许可的医疗机构； 2、该鉴定机构中具有执业资格的医生做出的鉴定证明。
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