法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理： 1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。 2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。 3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。
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可以凭生效的法院判决书（法院调解书书也是同具法律效力的司法文书）办理房产登记变更手续。申请房屋登记，应当由有关当事人双方共同申请，但本办法另有规定的除外。有下列情形之一，申请房屋登记的，可以由当事人单方申请： （一）因合法建造房屋取得房屋权利； （二）因人民法院、仲裁委员会的生效法律文书取得房屋权利； （三）因继承、受遗赠取得房屋权利； （四）有本办法所列变更登记情形之一； （五）房屋灭失； （六）权利人放弃房屋权利； （七）法律、法规规定的其他情形。
小产权房子没有办法过户，因此不存在将小产权房合法过户的方式。小产权房指的是在农村集体土地上建设的未办理土地证等有效证件也未缴纳土地出让金等费用的房屋，小产权房没有土地证，不能过户，但可通过协议进行买卖。
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