关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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住院报销的标准与参保人员所住的医院级别是相挂钩的，若就医住院住的是三级医院，从起付标准到3万元之间的花费，可获得85%的补偿；3万元到4万元的费用可报销九成；高于4万元到最高支付限额部分的费用，可报销的比例是95%。而退休人员个人支付的比例是在职（就是上述的）职工的60%，但没有达到起付标准的医疗费用，都由个人自己承担。
新农合住院报销需要的材料：诊断医生开具审核表、病例证明、住院总发票、住院费用明细清单、出院小结（出院时医院办理）、诊断证明、出院证明等 新农合报销地点：持合作医疗证、身份证、户口本、发票到医院一楼（一般都在一楼）新农合窗口审核、报销并领取报销款。如果医院没有报销窗口，出院后，将患者本人签字的住院发票、出院记录、费用清单、身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，审核后统一送交市农保管理中心报销。
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