员工应该先申请赔偿，同时在赔偿拿到手后办理辞职手续。根据《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；（二）住院伙食补助费；（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；（九）劳动能力鉴定费。第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：（一）治疗工伤期间的工资福利；（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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员工办理离职手续的流程： 1、为从事有职业病危害作业的员工做健康检查。 2、办理工作交接。离职员工除工作交接外，应立即停止以用人单位的名义对外从事一切业务。将该员工经手的工作交接到其他人员或主管。工作交接有助于防止员工仓促离职，出现工作脱节，减少不必要的经济损失。 3、公司财物、文件资料及清偿债务。 员工在公司期间，由公司配发的或者由员工本人掌管的属于公司的财物，企业应指定专人接收。并将员工在职期间保管和使用的全部文件资料进行清理，如客户名单、各种图表图纸、财务账本、工作计划、技术资料等。另外，在劳动合同解除或终止时，公司应清查该员工在职期间是否欠有公司债务，如借款、赔偿款、罚款等。 4、退还员工证件及结清工资。 5、如是公司提出解除劳动合同的，按照劳动合同法的规定向员工支付经济补偿金。 6、签订竞业禁止协议。对于公司认为需要签订竞业禁止协议的则在解除劳动合同协议中明确员工的相应义务。 7、出具解除或者终止劳动合同的证明。 8、办理档案和社会保险关系转移手续。《劳动合同法》规定公司在劳动合同解除后15日内为员工办理档案和社会保险关系转移手续。
在我国劳动者的辞职步骤和手续：提前三十日以书面形式通知用人单位，在试用期内提前三日通知用人单位；劳动者按照双方约定，办理工作交接；用人单位出具解除劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
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