分居是一种事实，不需要协议。当然，如果你们双方愿意签署协议的话，那当然更好。协议不需要公证就具有法律效力，如果公证当然也是可以的。
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协议离婚程序如下： 1、双方就财产分割、子女抚养等问题达成一致，并以书面形式写成离婚协议书。 2、双方亲自到婚姻登记机关申请登记。 3、经过30日的离婚冷静期没有撤回申请的，经婚姻登记机关查明为自愿离婚的，发给离婚证。
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证。诉讼离婚，起诉人应当携带身份证，结婚证，感情确已破裂的证据，向人民法院递交离婚起诉状，人民法院对于符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人，在立案之日起五日内将起诉状副本发送被告，被告应当在收到之日起十五日内提出答辩状。适宜调解的，先行调解，调解不成的，法院审理判决。
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