参保者出院后，将经患者本人签字或盖章的住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及本人身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心。注意事项编辑 以下情况不列入新型农村合作医疗报销范围： （一）非区内定点医院门诊医疗费用（特殊病种门诊治疗费用除外）、未按规定就医、自购药品所产生的费用; （二）计划生育措施所需的费用，违反计划生育政策的医疗费用; （三）镶牙、口腔正畸、验光配镜、助听器、人工器官、美容治疗、整容和矫形手术、康复性医疗（如气功、按摩、推拿、理疗、磁疗等）以及各类陪客费、就诊交通费、出诊费、住院期间的其他杂费等费用; （四）存在第三方责任的情况下，发生人身伤害产生的医药费依法由第三责任方承担，如交通事故、医疗事故、工伤等; （五）因自杀、自残、服毒、吸毒、打架斗殴等违法行为以及其家属的故意行为造成伤害所产生的医药费; （六）出国或在港、澳、台地区期间发生的医疗费用; （七）城镇职工医疗保险制度规定不予报销的药品和项目; （八）区医管会确定的其他不予报销的费用。
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农村合作医疗参保人员住院的，对于在住院中花费的符合基本基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，可以从新型农村合作医疗保险基金中支付，在出院时医院直接结算。
农村合作医疗如果是住院，那么只要携带报销所需的资料，就可以去医院新农合窗口进行审核并报销。如果医院没有相关的报销窗口，那么出院以后需要去区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。而外地就医的话，定点医院可以直接在医院进行报销，医院不能直接报销的话，需要回户籍所在地的卫生院报销。
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