法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理： 1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。 2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。 3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。
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依据相关规定，房屋产权确权纠纷起诉的时效为三年，如果是不动产物权的权利人请求返还财产，不受诉讼时效的限制。向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
小产权房买卖合同解除纠纷后，因该合同取得的财产，应当予以返还;不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
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