申请鉴定的费用一般由申请人先行垫付，待案子终结后根据《诉讼费交纳办法》第12条规定诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或者单位。由此可见鉴定费、评估费等费用应当由负有举证义务的一方承担而不是应当由被告承担。也就是说谁对待证明事实负有证明义务，谁就承担有关鉴定费、评估费。《诉讼费交纳办法》第6条鉴定人、在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴属于诉讼费用的一种，这项费用应当由被诉方承担。但是在人身损害等案件中由于当事人可以在伤残鉴定确定后变更诉讼请求，在变更诉讼请求时可以把鉴定费变更到新的诉讼请求中去，而有关伤残鉴定等事项的鉴定费用又属于由于人身损害导致的间接损失，往往这样的鉴定费得到了法院的支持，但是需要注意这样的鉴定费是支持在诉讼请求之中的，而不是在处理诉讼费时进行的分配。在诉讼请求中列明，由法院判决
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委托人或者委托人的对方当事人。鉴定费用的缴纳以谁委托谁缴纳为原则，不缴纳鉴定费用的，司法鉴定机构可以拒绝鉴定。同时，费用承担也与鉴定结果与判决结果有关，如果鉴定结果显示对方当事人存在过错，并且对方当事人对委托人负有赔偿责任，则可以请求其返还鉴定费用。
谁主张，谁承担鉴定费。我国法律规定，诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则。所以鉴定费是由主张鉴定费当事人承担。
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