具体看是什么纠纷，如果对使用权没有异议的土地纠纷，对土地确权办证并没有影响，可以直接起诉至人民法院进行判决；如果是土地使用权的争议纠纷，则需由地方国土资源行政主管部门进行调查处决后再进行确权颁证。根据《土地权属争议调查处理办法》第十四条的规定下列案件不作为争议案件受理：（一）土地侵权案件；（二）行政区域边界争议案件；（三）土地违法案件；（四）农村土地承包经营权争议案件；（五）其他不作为土地权属争议的案件。第二十条国土资源行政主管部门在调查处理争议案件时，应当审查双方当事人提供的有关证据材料：（一）人民政府颁发的确定土地权属的凭证；（二）人民政府或者主管部门批准征收、划拨、出让或者以其他方式批准使用土地的文件；（三）争议双方当事人依法达成的书面协议；（四）人民政府或者司法机关处理争议的文件或者附图；（五）其他有关证明文件。第二十一条对当事人提供的证据材料，国土资源行政主管部门应当查证属实，方可作为认定事实的依据。第二十二条在土地所有权和使用权争议解决之前，任何一方不得改变土地利用的现状。第三十一条当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以依法行申请政复议或者提起行政诉讼。在规定的时间内，当事人既不申请政复议，也不提起行政诉讼，处理决定即发生法律效力。生效的处理决定是土地登记的依据。
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土地纠纷是指当事人因土地所有权和使用权以及其他有关土地的权利归属问题发生的争议。具体而言，就是两个以上单位或个人同时对未经确权的同一块土地各据理由主张权属，根据各方理由难以解决的土地权属矛盾。它有以下特征：①主体的多样性，土地所有权的争议一般发生在国家和集体之间，集体和集体之间；使用权的争议则是发生在国家和集体之间、集体和集体之间。也有发生在国家或集体和个人以及个人和个人之间。②客体的特定性，一般表现为土地所有权和使用权归谁所有、由谁来行使问题。
土地确权后有纠纷的解决方法：当事人双方在自愿，不损害他人利益的情况下，根据法律法规的一些相关规定，直接商量出解决纠纷的方法。双方商量出解决纠纷问题的方法后，应该签署一份协议。此协议由双方当事人自愿去执行，没有法律的约束。
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