用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。 工资薪金税前扣除标准： 国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握： 1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度； 2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平； 3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的； 4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务； 5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
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工资薪金税前扣除标准：工资薪金税前要扣除基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；还包括专项附加扣除，有子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出。
个税扣除标准规定：纳税人的子女接受全日制学历教育的相关支出，按照每个子女每月1000元的标准定额扣除；在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担累计超过15000元的部分，由纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除；其他。
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