如果是简易程序，可以在开庭审理之前进行申请，如果是普通程序，原则上是需要在举证期限届满前进行申请鉴定，如果对方提出异议，或者法院不同意进行鉴定，你可以先撤诉后，在第二次起诉的举证期内的时候来申请进行笔迹鉴定。另外如果该笔迹鉴定是比较重要的证据，你们可以有进行鉴定的必要，如果有其他的证据来证明，可以不考虑进行鉴定，以其他证据来定案，建议详询。
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申请笔迹鉴定的程序如下： 1.当事人提出鉴定申请。 2.经过双方当事人质证，确定提供鉴定的样本。 3.双方协商选定或摇号选定鉴定机构。 4.鉴定机构出具鉴定意见。 5.双方当事收到鉴定意见后对鉴定结论有异议的，还可以申请重新鉴定。
如果当事人要在行政诉讼中申请司法鉴定的，可参照适用《民事诉讼法》的规定，即当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定；当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。
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