1、你可以到国土部门查询看一下这个厂子是否办理了用地手续，也就是土地使用权证书。2、如果未办理。1）1999年的协议无效，租给他人建厂，该厂应当是个人性质而非乡镇企业吧，因此这种私自改变土地用途的行为违法，违法无效。《土地管理法》第四十三条任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，兴办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的，或者乡（镇）村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。前款所称依法申请使用的国有土地包括国家所有的土地和国家征用的原属于农民集体所有的土地。第四十四条建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。2）你可以到当地国土资源管理部门投诉，要求查处这种违法占用农用地的行为，国土部门会对其作出行政处罚。要求其恢复原状，也即复耕。3）该厂违法占地16年，对你造成的损失应当赔偿，你也可以到基层法院起诉他侵权，请求停止损害、恢复原状、赔偿损失，会得到法院支持的。4）如果除了占用你耕地还占用了其他人的，耕地超过10亩、基本农田超过5亩的，就涉嫌了非法占用农用地罪，你可以向公安机关报案，或将当地检察机关的控申部门、侦查监督部门控告，要求进行立案监督。3、经查询如果已经办理了用地手续。1）1996年的协议有效，该厂应当依照协议赔偿。当然1996年的500元和现在的500元已经不能同日而语，你可以主张情势变更，要求按照现在的标准进行赔偿。2）2000年的调整因为达成一致，所以没有对1996年协议作出变更，还应当执行1996年的协议。3）不能要求该厂恢复成可耕状态，于法无据。4）该厂占地16年，未给你经济补偿，你可以要求其给予经济补偿。4、因此，建议你先行查询，如发现其未办理用地手续，可以协商赔偿事宜，如赔偿比较满意，就不需要举报诉讼了，不满意在举报诉讼。如发现已经办理用地手续，可以起诉赔偿相关经济损失。
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非法搭建可以向当地的城乡规划主管部门或者乡、镇人民政府举报或者控告违反城乡规划的行为。拍下违章建筑的照片即可作为证据，任何单位和个人都有权向城乡规划主管部门或者其他有关部门举报或者控告违反城乡规划的行为，城乡规划主管部门或者其他有关部门对举报或者控告，应当及时受理并组织核查、处理。
举报违规小工厂需要根据情况不同进行举报。如果是污染环境到当地政府环保局举报，如果是安全事故到安全生产监督局举报，如果是打架斗殴到公安局举报，如果是违反政府条规到发改委举报。环保局负责制定国家环境质量标准和污染物排放标准并按国家规定的程序发布；负责地方环境保护标准备案工作；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织编报国家环境质量报告书；发布国家环境状况公报；定期发布重点城市和流域环境质量状况；参与编制国家可持续发展纲要。安全生产监督局主管安全生产和相关的政策法规工作。安监局具有行政权和执法权。
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