1.补偿原则：根据合作医疗基金筹集情况，按照以收定支、量入为出的原则，合理确定补偿比例 2.补偿方法：参加新型农村合作医疗者，在一体化管理的紧密管理型卫生所、院合一型社区卫生服务站和镇（街）卫生院（医院）就诊的，门诊医药费按规定比例直接减免或当场报销；在镇（街）卫生院（医院）以上医疗机构住院的，实行先交费后报销的办法 3.补偿标准（1）.门诊医药费报销比例为：参加新型农村合作医疗者在一体化管理的紧密管理型卫生所、院所合一型社区卫生服务站就诊的，门诊医药费报销10%；在镇（街）卫生院（医院）就诊的，门诊医药费报销20%（2）.住院医药费报销比例如下 住院医疗费范围报销比例 =10000 50% 注：住院医药费最高支付额为8000 如果在镇（街）卫生院（医院）住院的医药费报销比例在以上基础上各增加5%。在非定点医疗机构的医疗费用，按照20%比例报销。且不超过4000。
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农村新型合作医疗的报销比例：1、门诊报销。在村里的卫生室看门诊的一次报销百分之六十。到镇上的卫生院就诊的，一次报销百分之四十。2、住院报销。年满六十周岁以上的老人在镇上的卫生院住院治疗的，治疗费和护理费可以每天补偿10元，最高不超过200元。
农村新型合作医疗报销比例如下： 门诊补偿方面的村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。中药发票附上处方每贴限额1元。镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
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