公司合并涉及公司、股东和债权人等相关人的利益，应当依法进行。根据《公司法》的规定，公司合并办理程序通常如下： 1、董事会制订合并方案。 2、签订公司合并协议。公司合并协议是指由两个或者两个以上的公司就公司合并的有关事而订立的书面协议。协议的内容应当载明法律、法规规定的事项和双方当事人约定的事项，一般来说应当包括以下内容： (1)公司的名称与住所。这里所讲公司的名称与住所包括合并前的各公司的名称与住所和合并后存续公司或者新设公司的名称与住所。公司名称应当与公司登记时的名称相一致，并且该名称应当是公司的全称;公司的住所应当是公司的实际住所即总公司所在地。 (2)存续或者新设公司因合并而发行的股份总数、种类和数量，或者投资总额，每个出资人所占投资总额的比例等。 (3)合并各方现有的资本及对现有资本的处理方法。 (4)合并各方所有的债权、债务的处理方法。 (5)存续公司的公司章程是否变更，公司章程变更后的内容，新设公司的章程如何订立及其主要内容。 (6)公司合并各方认为应当载明的其他事项。 3、编制资产负债表和财产清单。资产负债表是反映公司资产及负债状况、股东权益的公司要的会计报表，会计合并中必须编制的报表。合并各方应当真实、全面地编制此表，以反映公司的财产情况，不得隐瞒公司的债权、债务。此外，公司还要编制财产清单，清晰地反映公司的财产状况。财产清单应当翔实、准确。
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企业吸收合并的程序如下： 1.董事会提出合并方案或者合并计划。公司法授予公司董事会“拟定公司合并方案”的职权。 2.股东会表决通过合并决议。公司法规定合并要有合并各方股东会做出特别决议。 3.签订合并合同并编制资产负债表和财产清单。合并各方必须对合并的形式、条件、支付方式以及双方的其他权利义务做出规定并编制资产负债表和财产清单。 4.实施债权人的保护程序。实施债权人的保护程序，即在做出合并的决议后通过邮寄、公告等方式通知债权人，要求其在规定的时间内可对合并提出异议。公司法规定，自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上至少公告三次。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自第一次公告之日起九十日内，债权人有权要求公司清偿债务或者提供担保。不清偿债务又不提供担保的，公司不得合并。 5、公司合并应当办理相应的登记手续。合并其他公司的公司应当于公司合并之后就发生变化的登记事项向登记机关申请办理变更登记；被合并的公司应到登记机关依法办理注销登记手续。
企业兼并重组的程序是： (一)被兼并企业进行清产核资，清理债权债务，搞好产权界定； (二)兼并双方共同提出可行性报告，征求被兼并企业债权银行意见并征得主要债权人同意。股份制公司必须通过董事会或股东会形成决议； (三)就兼并的有关事宜，通过召开职代会征求双方企业职工的意见； (四)兼并双方就兼并的形式和资产债权债务担保的处置办法及职工的安置方案等兼并基本内容进行协商，达成兼并意向性协议； (五)需要企业所在地地方政府提供优惠政策的，应由地方政府提出审查意见； (六)同级人民政府或授权能代表兼并企业双方出资者的机构部门对兼并作出决定； (七)对涉及特殊行业的兼并，对大中型国有和国有控股企业上市公司的兼并以及省属企业的兼并，应分别由地方政府省属企业的主管部门报省经贸委会同银行财政劳动等有关部门提出审核意见后，报省政府审批;涉及上市公司的兼并重组还应征求证券监管机构的意见;其他国有小型及国有控股小型企业兼并重组的审批由各市(地州)人民政府行政公署或授权部门审批； (八)兼并协议修改完成后，由企业双方法定代表人签署兼并协议； (九)按照兼并协议和审批文件等实施兼并，办理资产划转工商登记税务登记等有关手续； (十)由兼并双方的出资者和政府有关部门进行验收，经各方认可后完成兼并。
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