外商投资企业批准证书的程序比较繁琐，大概程序如下：第一步：名称预先核准。第二步：办理商务委员会审批一、办理商务局批复须提交的基本文件、材料。第三步：办理企业法人营业执照工商行政管理局所需资料。第四步：去公安局申办备案刻章批件。第五步：办理组织机构代码及IC卡。第六步：去公安局申办黑皮备案簿。第七步：办理税务登记。第八步：办理统计登记。第九步：办理外汇业务登记凭证。
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外商投资企业设立时，需经过商务部门审批，批准后，商务部门发给批准证书。设立外资企业的申请属于下列情形的，国务院授权省、自治区、直辖市和计划单列市、经济特区人民政府审查批准后，发给批准证书。
1、拟发行人就股权转让事宜召开股东会并形成决议(包括：同意股权转让、变更企业类型(外资转内资)、修改公司章程等)； 2、收购方分别与外资股东签订股权转让协议、向拟发行人所辖区外经贸主管部门申请批准； 3、交易完成后于税务机关申报纳税并获得完税证明(一般需在申报纳税前取得外经贸主管部门的审批)； 4、向海关补缴关税； 5、若拟发行人持有《进出口货物收发货人报关注册登记证书》，一般需在办理工商变更登记前办理海关完税凭证； 6、向税局补缴增值税； 7、向工商部门办理变更登记； 8、拟发行人向外管局办理外汇变更登记； 9、收购方申请购付汇并将股权转让款(一般首期支付51%以上股权转让款即可)汇出境外； 10、自工商主管部门办理变更登记之日起30日内，持有关证件向原税务登记机关申请办理变更税务登记。
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