如果你们能协商好的话最好，协商不好，起诉的话，原则上法院以有利于孩子的健康成长为标准认定抚养权： 1、如果孩子超过十岁，是要问孩子的意愿的，看孩子愿意跟谁。 2、一般情况下，看小孩从小的生活环境，平时除父母外，由谁照顾比较多；夫妻的经济状况，住房状况，等等，都会对此有影响的。例如，小孩从小由爷爷奶奶照顾，跟爷爷奶奶也比较亲，在男方所在地附近上学，为了小孩的有利成长，判的时候就可能会偏向男方。但是，如果孩子尚在哺乳期，原则上是跟女方的。 3、建议协商，因为就算起诉到法院，也是要先调解的。判决的话考虑的因素比较多，可能会比较慢。
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夫妻离婚有两个孩子，如果一方同意两个子女都归对方抚养时，法院会尊重双方达成的一致意见，由一个人抚养两个孩子。 如果双方在两个孩子抚养权问题上存在比较大争议时，法院一般会从缓和家庭矛盾和公平的角度出发，判决一方抚养一个孩子的概率会比较大。 当然法院在对于抚养权归属的判决上，也会遵循未成年子女的最大利益的原则，如果一方出现不适合抚养子女的情况； 比如说有吸毒，赌博等恶习，患有久治不愈的艾滋病，梅毒等传染性疾病，或者其他严重疾病的，或者一方曾经有家庭暴力； 或者有虐待遗弃家庭成员行为的，同时一方长期不履行抚养义务等等这些情形，法院就有可能将两个孩子的抚养权都判归给一方。
夫妻双方离婚两个孩子抚养权的判决根据具体情况而定。在双方协商不一致的情况下，人民法院主要还是从有利于子女身心健康，保障子女合法权益出发，结合父母双方的抚养能力、抚养条件等具体情况妥善解决，有两名子女时，一般判决男女各方各抚养一个。
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