省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门负责本行政区域内药品生产企业的监督检查工作，应当建立实施监督检查的运行机制和管理制度，明确设区的市级食品药品监督管理部门和县级食品药品监督管理部门的监督检查职责。国家食品药品监督管理总局可以直接对药品生产企业进行监督检查，并对省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门的监督检查工作及其认证通过的生产企业《药品生产质量管理规范》的实施及认证情况进行监督和抽查。
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行政监督部门有：监察系统、审计系统、检察机关、财政部，综合性的是各级人大和政协，以及下设的各个专业委员会，还有就是各级政法委执行对党内各级机关和党员的监督、审查等。各地政府的法制机构也承担一定的监督职能。行政监督形式：1、执政党；2、权力机关；3、司法监督；4、内部监督；5、公民监督；6、社会舆论监督。
监督检查部门在监督检查不正当竞争行为时的问题：监督检查部门在监督检查不正当竞争行为时，有权行使相关的职权。监督检查部门可以按照《反不正当竞争法》所规定的程序询问被检查的经营者、利害关系人、证明人，并要求提供证明材料或者与不正当竞争行为有关的其他资料；查询、复制与不正当竞争行为有关的协议、账册、单据、文件、记录、业务函电和其他资料；检查与《反不正当竞争法》规定的不正当竞争行为有关的财物；必要时可以责令被检查的经营者说明该商品的来源和数量，暂停销售，听候检查，不得转移、隐匿、销毁该财物。
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