法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理： 1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。 2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。 3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。
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小产权房能否执行还要根据具体的情况，如果房屋居住人是原始小产权房所有人的，是可以被执行的。但是如果房屋居住人是经过二次买卖受让小产权房的，是没有房屋物权，法院是不能执行的。
法院执行小产权房需要申请人向法院提出执行申请，法院委托评估公司对房产价值进行评估，根据评估价值确定拍卖保留价，委托拍卖公司对房产进行拍卖，拍卖成交后由法院作出裁定确认拍卖结果的法律效力，以房产拍卖所得的实际价款清偿被申请人依法应当偿还的债务。
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