发生医疗纠纷，首先可以医患双方进行协商调解，调解不成的，医患任何一方均可向主管卫生行政部门提出处理请求。卫生行政部门受理后会指派专人妥善保管原始资料，封存有关医疗物品，组织工作人员展开调查，并形成文字材料。调查研究后，卫生部门会给出处理意见，一般会再次协商调解。 协商不成的，会建议则建议患者或家属诉诸三级医疗事故鉴定委员会，进行鉴定。如对三级鉴定结论不服，可申请复仪或二级鉴定。如仍不服，则申请复议和一级鉴定。卫生行政管理部门和医疗单位根据鉴定结论和有关法规及制度作出相应处理。如对处理结果仍不服的，可以向当地基层人民法院提起诉讼。当然，双方自行协商、请求卫生行政部门处理都不是必经程序，也可直接向法院提起诉讼。
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医疗纠纷处理操作流程具体如下：发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；发生医疗事故争议时，当事人可以向医疗机构所在地县级人民政府卫生行政部门提出医疗事故争议处理的书面申请；到人民法院提起民事诉讼，包括诉前准备，联系院方封存病历、；诉讼，尽可能排除对己方的不利证据；医疗事故技术鉴定，尽可能详细陈述医疗经过；赔偿款的确定。
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