由于当事人已经申请劳动仲裁，那么用人单位不承认相关证据，应该提供佐证的依据，否则不影响仲裁部门对案件的仲裁。根据《劳动争议调解仲裁法》第三十条规定，劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请后，应当在五日内将仲裁申请书副本送达被申请人。被申请人收到仲裁申请书副本后，应当在十日内向劳动争议仲裁委员会提交答辩书。劳动争议仲裁委员会收到答辩书后，应当在五日内将答辩书副本送达申请人。被申请人未提交答辩书的，不影响仲裁程序的进行。第三十六条申请人收到书面通知，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，可以视为撤回仲裁申请。被申请人收到书面通知，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，可以缺席裁决。第三十七条仲裁庭对专门性问题认为需要鉴定的，可以交由当事人约定的鉴定机构鉴定；当事人没有约定或者无法达成约定的，由仲裁庭指定的鉴定机构鉴定。根据当事人的请求或者仲裁庭的要求，鉴定机构应当派鉴定人参加开庭。当事人经仲裁庭许可，可以向鉴定人提问。第三十八条当事人在仲裁过程中有权进行质证和辩论。质证和辩论终结时，首席仲裁员或者独任仲裁员应当征询当事人的最后意见。第三十九条当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。
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仲裁公司不承认有劳动关系在公司规章允许情况下，尽量保留能证明提供劳动的材料原件，申请法院向有关单位、部门调查取证，请在职期间的同事提供证人证言。
劳动仲裁过程中对方否定劳动关系的，当事人可以通过以下凭证证明存在劳动关系：劳动者填写的用人单位招用记录；单位的工资支付凭证或记录、缴纳各项社会保险费的记录；用人单位向劳动者发放的能够证明身份的证件；其他劳动者的证言；单位的考勤记录等。
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