轻伤案件已经在派出所调解的，检察院仍可以起诉。 根据《刑事诉讼法》的规定，对于轻伤案件，可以由公安机关组织双方当事人进行和解，达成和解协议并取得被害人谅解的，可以由法院予以从宽处理；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，检察院也可以作出不起诉的决定。 所以，轻伤案件在公安机关达成和解协议后，检察院根据案件具体情况，仍是可以向法院提起公诉的。 《刑事诉讼法》 第二百七十七条下列公诉案件，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解的，双方当事人可以和解： (一)因民间纠纷引起，涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的； (二)除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件。 犯罪嫌疑人、被告人在五年以内曾经故意犯罪的，不适用本章规定的程序。 第二百七十八条双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。 第二百七十九条对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。
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1、检察院不起诉一般没有案底，我国主张的是疑罪从无，没有法院判决就不会有犯罪记录的，检察院不起诉的案子一般都是可以不追究刑事责任或者证据不足的案子，所以不会有案底的，一般人也查不出来。被判了刑或者被宣告有罪但是免予刑事处罚的就会有案底。所谓“案底”是民间对犯罪记录的一种称谓，所谓犯罪记录，是国家专门机关对犯罪人员情况的客观记载，也称“前科”，该犯罪档案一般存放在公安部门。 2、我国建立了未成年人犯罪记录封存制度
检察院不起诉不会留有案底。案底又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门与相关国家机关。人民法院依法审判，判处有罪的，才会有案底，检察院不起诉也就不会被判决，自然不会有案底。
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